MSA color-coded by GUIDANCE scores

                         1 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140
  NC_001802.HXB2 - - - M Q P I P - - - - - - - - - - - I V A - I V A L - - - - V V A I I I A I V V - W S I - - - - V I I E Y R K I L R Q R - - - - K I D R L I D R L I E R A E - D S G - - N E S E G - - - - - - - - E I S A - L V E M G V E M G H H A P W D V - - - - - - - - - D D L - - - - - - - - - - -
  EF637049.B - - - M Q S L Q - - - - - - - - - - - I V A - I V A L - - - - V V T A I I A I V V - W S I - - - - V L I E Y R K L L R Q R - - - - K I D R L I D R I R E R A E - D S G - - N E S E G - D Q - - - - E E L A G - L - - - - V E R G H L A P W D V - - - - - - - - - D D L - - - - - - - - - - -
  EF514700.B - - - M Q P L E - - - - - - - - - - - I L A - I V A L - - - - V V A I I L A I V V - W T I - - - - V F I E Y K K I L R Q R - - - - K I D R L I D R I A E R A E - D S G - - N E S E G - D Q - - - - E E L S A - L - - - - V D M G H D A P W V V V - - - - - - - - D Q - - - - - - - - - - - -
  AY795907.D - - - M Q T L E - - - - - - - - - - - I L S - I V A L - - - - V I A A I I A I I V - W T I - - - - V Y I E Y R K I R R Q R - - - - K I D Q L I D R I R E R A E - D S G - - N E S E G - D E - - - - E E L S T - L - - - - M E M G H A A P W N V A - - - - - - - - D D L - - - - - - - - - - -
  DQ168575.G - - - M K S L E - - - - - - - - - - - I S A - I V G L - - - - I V A F I A A I V V - W T I - - - - V L I E Y R K I R K Q K - - - - R I D K I L D R I R E R A E - D S G - - N E S E G - D T - - - - E E L A T - L - - - - V D M V D F E P W - V G - - - - - - - - D N L - - - - - - - - - - -
  EU110088.A1 - - - M N Q L Q - - - - - - - - - - - I L A - I X G L - - - - V V A L I L A I V V - W T I - - - - V G I E Y R K L L R Q R - - - - R I D R L I K R I S E R A E - D S G - - N E S D G - D T - - - - E E L S Q - L - - - - V E M G N - - - Y N L G - - - - - - - - F D D N L - - - - - - - - -
  AB253428.A1 - - - M Q L L E - - - - - - - - - - - I C A - V V G L - - - - V V A L I I A I V V - W T I - - - - V G I E Y K K L L K Q R - - - - K I D R L V D R I R E R A E - D S G - - N E S D G - D R - - - - E E L S L - L - - - - V D M G D - - - Y D L G - - - - - - - - D D N N L - - - - - - - - -
  AF457052.A1 - - M L S A L E - - - - - - - - - - - I C A - I A G L - - - - V I A L I I A I V V - W T I - - - - V G I E Y R R L L K Q R - - - - K I D R L I E R I R E R A E - D S G - - N E S D G - D T - - - - E E L A A - L - - - - I E M G N - - - Y D L G - - - - - - - - D A N D L - - - - - - - - -
  AF077336.F1 - - - M S Y L L - - - - - - - - - - - A I G - I A A L - - - - I V A L I I A I V V - W T I - - - - V Y I E Y K K L V R Q R - - - - K I N K L Y K R I R E R A E - D S G - - N E S E G - D A - - - - E E L A A - L - - - - G E M G P F I P G D I N - - - - - - - - N L - - - - - - - - - - - -
  DQ056417.C - - - - - - M L - - - - - - E S I D Y R L G - V A A L - - - - L L A L I I A I I V - W I I - - - - A Y L E Y R K L L R Q R - - - - R I D K L I K R I R E R A E - D S G - - N E S E G - D I - - - - E E L S T - M - - - - V D V E H L R L L D V N - - - - - - - - N L - - - - - - - - - - - -
  AY463217.C - - - M V D L L - - - - - - A G V D Y R V G - V G A L - - - - I I A L I I A I I V - W I W - - - - V Y I E Y R K L L R Q R - - - - K I D W L I K R L R E R E E - D S G - - N E S E G - D T - - - - E E L A T - M - - - - V D M G H L R L L D D N - - - - - - - - N V - - - - - - - - - - - -
  DQ011165.C - - - M L N F L - - - - - - A G V D Y R I G - V G A L - - - - I V G L I I A I V V - W I I - - - - V Y L E Y R K L V K Q R - - - - K I D W L I E R I R E R A E - D S G - - N E S E G - D T - - - - E E L A T - M - - - - V D M G H L R L L D A Y - - - - - - - - D L - - - - - - - - - - - -
  AY901969.C - - - M V N L L E K V N L F E K V D Y R L G - V G A L - - - - L I A L V I A I I V - W T I - - - - A Y I E Y R K L V R Q R - - - - K I D W L V K R I R E R A E - D S G - - N E S D G - D T - - - - E E L S T - M - - - - V D L G H L R L L D V A - - - - - - - - E L - - - - - - - - - - - -
  AB254142.C - - - M I N F A - - - - - - A R V D Y R V G - V A A F - - - - T I A L I I A I V V - W I I - - - - V Y L E - - - L V R Q R - - - - K I D Q L I I R I R E R E E - D S G - - N E S E G - D I - - - - E E L S T - M - - - - V D M G Q L R L L D G N - - - - - - - - G L - - - - - - - - - - - -
  EF535994.PTT - - - M E I F I - - - - - - - - - - - I L G - L I G I - - - - V I E L V I A I V V - W L K - - - - A Y E C Y K A L K R Q E - - - - R R D Q L I D R I R E R A E - D S G - - N E S D G - D T - - - - E E L E A - I - - - - L I P E D R H V L V A I - - - - - - - - R G Y - - - - - - - - - - -
  DQ373064.PTT - - - M D L - I - - - - - - - - - - - E L G - L I G L - - - - V I E L I I V I V V - W L K - - - - A Y Q L Y K E N I R Q K - - - - A I N K L I E R I R E R G E - D S G - - N E S E G - D M - - - - D E L H A - I - - - - L R S G D P E - L V L I - - - - - - - - D N - - - - - - - - - - - -
  AF103818.PTT - - - M L N W F - - - - - - - - - - - E I G - L I A L - - - - G I E G I L V V I I - W G L - - - - V A R L W R Q I K I K E N T Q Q E I Q N L L E R I R I R E E - D S G - - N E S D G - E E - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - E T L A K L L S S L E L - - D N P R I V - - - - - - - -
  EF535993.PTT - - - M L T W E - - - - - - - - - - - Q I G - L I A L - - - - G I E G I I A T V V - W G I - - - - A F I T W R R R K I E E D R A Q K I I D L L E R I R A R Q D - D S G - - N E S D G - E D - - - - Q - - - - - - - - - - - - - - - - R Q L M - - - - A Y G F - - D N P M F D W - - - - - - -
  DQ373065.PTT - - - M L L L I - - - - - - - - - - - K L G - F I G L - - - - A I E T L I V I V V - W A I - - - - V Y R I Y R E V K V E E - - - - K I S Q L R Q R I R D R A E - D S G - - N E S D G - D A - - - - E E L A N - - - - - - - - - - - - - - - - - L L P P D R I D Q D N W V - - - - - - - - - -
  DQ017383.N - - - - - - M L - - - - - - - - - - - E L G - F I A F - - - - G V A I I I A V I I - W V L - - - - L Y K E Y K E I K L Q E - - - - K I E K I R Q R I R D R A K - E S G - - K E S D G - D A - - - - E W L G D - K - - - - E S V G D D E W L A I L L S P D K L - - D N W V - - - - - - - - - -
  DQ373063.PTT - - - M D I V Q - - - - - - - - - - - Q V G L L V V L - - - - I I E L V I V I V I - W V K - - - - V Y K L C K E D R R Q K - - - - K I D R L I A R I R E R A E - D S G - - N E S D G - D T - - - - E E L Q D - L - - - - I T E G - - - - - - - - - - - - - - - - D N L M H I G I R D N R N N
  AF382828.SIVCPXGAB2 - - M L S M W V - - - - - - - - - - - A I G - L I G I - - - - G T L L V I N I V V - W G I V G I S V Y K R W K R H K E E Q - - - - R I I D L I I K I T E R A E - D S G - - N E S D G E D K - - - - E T L A T - L - - - - L H N N G F - - - - - - - - - - - - - - D N P M F E D R I - - - - -
  DQ373066.PTT - M Q L E I V L - - - - - - - - - - - - - - - I I L F - - - - I A L M L V A I F A - W I A - - - - A Y K E Y K K L Q Q V R - - - - R I E R L Q D R I R S R A E - D S G - - N E S D G - D E I L L V E E L M Q - V H Q H Q V N P D W M - - - - - - - - - - - - - - D R I L F W - - - - - - - -
  AY169807.O M L H R D L L L - - - - - - - - - - - - - - - L I I I - - - - S A L L L T N I I L - W M F - - - - V L R K Y L E I K K Q E R R E R E I L E R L R X I R E I R D - D S D - - Y E S N E E E E - - - - Q E V R D H L - - - - V H T F G F - - - - - - - - - - - - - - A N P M F E I - - - - - - -
  AY169811.O M H H R D L L T - - - - - - - - - - - - - - - L I A V - - - - S A L L F I N I I L - W I Y - - - - V L R K Y L E Q R K Q D R R E R E I L E R L R R I X E I G D - D S D - - Y E S N E E E E - - - - Q E V M D - L - - - - V H N H G F - - - - - - - - - - - - - - D N P M F E P - - - - - - -
  AY169803.O M H Y R D L S T - - - - - - - - - - - - - - - L I I V - - - - S A L L L I N V X L - W M F - - - - I L R X Y L E H K R Q E R R E R E I L E R L R R I R E I K D - D S D - - Y E S N G E E E - - - - Q E V M D - L - - - - V H S H G F - - - - - - - - - - - - - - D N P M F E L - - - - - - -
  AY169809.O M Q Y K G L - - - - - - - - - - - - - - - - - L L I I - - - - I A L L L I N V X V - W M F - - - - N L R K Y L E Q K K Q E R R E R E V I N R L R R I R E V K D - D S D - - Y E S N G E E E - - - - Q E V M E - L - - - - V H S H G F - - - - - - - - - - - - - - D N P M F E L - - - - - - -
  AJ302646.O M H H R D L L A - - - - - - - - - - - - - - - L I T T - - - - S A L L L T N V V L - W T F - - - - I L R Q Y L K Q K K Q D K R E R E I L E R L R R I R Q I E D - D S D - - Y E S D G T E E - - - - Q E V R D - L - - - - V H S Y G F - - - - - - - - - - - - - - D N P M F E L - - - - - - -
  AY169815.O M Q H K D L L I - - - - - - - - - - - - - - - L I I T - - - - S A L L L I N V I L - W L F - - - - V L K Q C L E Q K K Q T K R E R E I I R R L R R I R E I E D - D S D - - Y E S N G E E E - - - - Q T V R D - L - - - - I H S H G F - - - - - - - - - - - - - - D N P M F E L - - - - - - -
  AY169804.O M H Q R D L L I - - - - - - - - - - - - - - - L I A V - - - - S I L C L I C I L V - W T F - - - - N L R K Y L E H R K Q D K R E R E I L E R L R R V R E I R D - D S D - - Y E S B G E E E - - - - Q E V M D - L - - - - I H S H G F - - - - - - - - - - - - - - A N P L F E L - - - - - - -
  AY169810.O M N Y K E L L S - - - - - - - - - - - - - - - L I V V - - - - S V L L L A A I V I - W M F - - - - I L K K Y L E Q K E Q D R R E R E L L K R I E R L X E X R D - D S D - - Y E S N G D E E - - - - Q E V M H - L - - - - V H T H G F - - - - - - - - - - - - - - A N P M F E L - - - - - - -
  AY169806.O M Y K D Q I I L - - - - - - - - - - - - - - - I I I F - - - - C V V F L I A A C I - W L F - - - - I L K T Y L E Q K K Q D R R E K E L L R R L Q R I I E I R D - D S D - - Y E S N G E E E - - - - Q E V M D - L - - - - V H E H G F - - - - - - - - - - - - - - V N P M F E L - - - - - - -
  FJ424864.GOR M H P R D I I V - - - - - - - - - - - - - - - I I I G - - - - I T L L A V T V I I - W L K - - - - I F A L Y L R D R R E R - - - - R F F D R L E R L L S N K E - D E G - - Y E S N E - - - - - - - E E A A E - L - - - - M E M G N E L G F D F N L H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
  AY169968.PTT - - - - - - M I - - - - - - - - - - - - - - - L I A L G C L A I A L I L L N I F I - W R N - - - - L W R L C K Q N K L E V - - - - E I E N L A L R L T E R A E - D S G - - N E S D G G E E - - - - E K L Q R - L L H D H D N M H G F - - - - - - - - - - - - - - A N P L F D I - - - - - - -
  AJ549283.CERCOPITHECUS - - - M N T Y W - - - - - - - - - - - - - - - I A A I S V W C V I V L L A P C T L - Y L - - - - - L Y Q S Y K E H K R V S R F E Q D F Q R L V Q X Y Q E - - X - D S G - - Y E D E D E D H - - - - N S F - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - D N P L F D D G D P D Q W V
  AY340701.CERCOPITHECUS - - - M N Y W W S - - - - - - - - - - - - - - L V A I - T Y S L I L I A L P V A A - W A W - - - - - W R Y Y K I T K R F K R I D Q E I Q R L I Q I H E R R R H - D S G V D T E S E S E Q H - - - - E E T H G - F - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - V N P V F N D D F G E W V -
  AF468658.CERCOPITHECUS M S A A A L W W - - - - - - - - - - - - W G A A V I T - - - - F I Y F C L A I F A - L Y L - - - - A W D K W I K G K P K - - - - - I P V A V I R L V E D - D E - E S G I F E D A S S - - E - - - - P N A Y - G F - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A N P G F E V - - - - - - -
  AF468659.CERCOPITHECUS M H P A A V W W - - - - - - - - - - - - W G A A I I T - - - - F I Y L C V A L L A - L Y L - - - - A W D K W V K G K P K P - - - - T Q V A V I R L I E D - E E - D S G I Y D D A S S - - E - - - - L T G F N G F - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A N P G F E V - - - - - - -
  AY340700.CERCOPITHECUS - - - M N Y W Y - - - - - - - - - - - - L A A V I V T - - - - G I Y F V I A I F A - F V L - - - - A Y Q R W C K P K K - - - - - - V E V S V I R L L E E G D G - D S G I F E D A E D D M A - - - - E S E H H A F - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A N P A F E Q - - - - - - -
  EF070331.SIVMUS01CM2500 - - - M N W W W - - - - - - - - - - - - F A A A V V T - - - - A I Y F V I A L V A - F V L - - - - A Y Q R W C Q P Q K G Q - - - - V E V N V I R L L E E G D T - D S G I F E D A E D G - S - - - - D D Q R H G F - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - L N P A F E L - - - - - - -
  EF070329.SIVMUS01CM1246 - - - M H Y W Y - - - - - - - - - - - - L G A A I V T - - - - A I Y L V I A L V A - F I L - - - - A Y Q R W C Q P K P - P - - - - I E V N V L R L L E E G D S - D S G I F E D A C D G E D - - - - E D S H R A F - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A N P S F E P - - - - - - -
  EF394358.PTS - - - - - - - - - - - - - - - - M V K I V V G S V L T N V I G - - - - A F C I L L - I L I G G G L L - - I I A F V R R E L E R E R Q H Q R V I E R L V R R L S I D S G I - D E D E E L N W - - - - N N F D P H N - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - F N P - - R D W I - - - - -
  U42720.SIVCPXANT - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M T N I F E Y A F L A F S I V L - W I I C I P I L Y K L Y K I Y K Q Q Q I D N K R N Q R I I E V L S R R L S I D S A I - E E D E E A D T - - - - Y Y L G S G F - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A N P V Y R E G D E - - - -
  AJ580407.CERCOPITHECUS - - - - - - M L - - - - - - - - - - - - - - - K I K L G P I E Y V C L V F A V V I T W I A A I G V G Y L A Y R A Y K S Y R E E L R Y I R L R L W S I - - - - - - D S G - - Y E S S Q E D P - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
 1 1 0 2 0 3 0 4 0 5 0 6 0 7 0 8 0 9 0 1 0 0 1 1 0 1 2 0 1 3 0 1 4 0
 
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